Endoxan（环磷酰胺）在发挥治疗作用同时，会带来一系列不良反应，充分了解副作用，能够帮助患者和家属提前识别风险，配合医生做好监测，不等于出现副作用就要直接停药，多数不良反应可以提前干预控制。
骨髓抑制是最为常见的反应。药物会抑制骨髓造血功能，造成白细胞、中性粒细胞下降，也可能伴随血小板降低。白细胞下降之后，身体抵抗力下降，容易发生细菌、病毒感染，严重会出现发热。所以用药期间需要定期复查血常规，一旦中性粒细胞显著降低，医生会使用升白药物，必要时推迟给药。
消化道反应，包括恶心、呕吐、食欲下降，多出现于静脉用药之后数小时。现代临床有成熟止吐药物，提前预防性给药，可以很大程度减轻呕吐反应。部分人口服剂型，胃肠道不适会相对缓和。
出血性膀胱炎是 Endoxan 比较有特征性的不良反应。药物代谢产物会刺激膀胱黏膜，引发膀胱充血、血尿，严重造成膀胱损伤。临床上会要求用药期间大量水化饮水，多排尿，加速代谢产物排出，部分情况配合保护膀胱药物，以此降低膀胱损伤风险。
脱发也较为多见，属于可逆改变，治疗结束之后毛发大多可以重新生长。另外肝功能损伤、月经紊乱、卵巢功能受损也是需要关注，育龄人群需要重点评估生殖毒性。
不是所有人都会出现全部副作用，不良反应发生和给药剂量、给药周期、个人体质密切相关。定期复查各项检验指标，身体出现异常发热、血尿、持续恶心及时告知医生，能够最大程度规避严重不良事件。
